أُنشأت الجامعة في بادئ الأمر كمؤسسة أكاديمية للتعليم الإسلامي العالي في عام 2007 م وقد عُين الدكتور وليدبن إدريس المنيسي، نائبًا للرئيس. وقد أقام الدكتور المنيسي  العديد من الدورات التدريبية المتعلقة بـ”المعارف الإسلامية” في هذه المؤسسة، وشارك معه العديد من الشخصيات العلمية المؤثرة. وكان هذا الجهد المتواضع على غرار المعهد اللاهوتي، فكان سببًا لجذب اهتمام عدد كبير من الشباب متعطش للمعارف وسبل التعليم للمواد الإسلامية الأصيلة، وزاد الإقبال للتسجيل وأقدم المئات من الشبان والشابات الذين احتشدوا للتسجيل للدراسة الجامعية والدراسات العليا.
في عام 2013 تم تأسيس ” جامعة مينيسوتا الإسلامية” من قبل الدكتور وليد بن إدريس المنيسي أخذ بزمام المؤسسة كرئيس للجامعة وعميد لكلية الدراسات الإسلامية،  وقد تم تعيين الأستاذ عزيز حيدر، نائبا للرئيس والمدير التنفيذي للجامعة.